Table 2.

Summary statistics of RNA sequencing

Mouse Total reads Mapped reads Mean coverage # SNPs # Het. SNPs # Hom. SNPs # Indels # Nonsyn. variants # Nonsyn. variant genes 
WT 1 58,838,924 56,801,099 (96.5%) 58.6x 102,465 14,249 88,216 6,860 2,902 362 
WT 2 56,971,575 55,447,441 (97.3%) 60.1x 102,756 12,591 90,165 7,451 2,874 361 
WT 3 77,632,102 75,325,378 (97.0%) 67.4x 117,354 15,501 101,853 8,356 3,360 415 
All WT    84,205 9,535 74,670 5,644 2,277 197 
KO 1 71,507,393 69,906,771 (97.8%) 64.6x 117,979 15,146 102,833 8,164 3,517 466 
KO 2 70,456,814 68,728,168 (97.5%) 62.7x 114,906 14,943 99,963 8,185 3,391 466 
KO 3 75,295,650 73,039,778 (97.0%) 65.4x 117,592 15,539 102,053 8,405 3,515 488 
All KO    92,176 9,569 82,607 6,397 2,682 264 
Mouse Total reads Mapped reads Mean coverage # SNPs # Het. SNPs # Hom. SNPs # Indels # Nonsyn. variants # Nonsyn. variant genes 
WT 1 58,838,924 56,801,099 (96.5%) 58.6x 102,465 14,249 88,216 6,860 2,902 362 
WT 2 56,971,575 55,447,441 (97.3%) 60.1x 102,756 12,591 90,165 7,451 2,874 361 
WT 3 77,632,102 75,325,378 (97.0%) 67.4x 117,354 15,501 101,853 8,356 3,360 415 
All WT    84,205 9,535 74,670 5,644 2,277 197 
KO 1 71,507,393 69,906,771 (97.8%) 64.6x 117,979 15,146 102,833 8,164 3,517 466 
KO 2 70,456,814 68,728,168 (97.5%) 62.7x 114,906 14,943 99,963 8,185 3,391 466 
KO 3 75,295,650 73,039,778 (97.0%) 65.4x 117,592 15,539 102,053 8,405 3,515 488 
All KO    92,176 9,569 82,607 6,397 2,682 264 

WT, B6.129-Prnpwt/wt; KO, B6.129-PrnpZrchI/ZrchI; #, number; Het., heterozygous; Hom., homozygous; Indels, insertions/deletions; Nonsyn., nonsynonymous.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal