Skip to Main Content
Table II.

Comparison of amino acid sequences of known CD8+ T cell epitopes between SIVmac239Δnef, SIVsmE660, and circulating virus during the chronic phase of infection in the vaccinated animals

Sequence origin
Epitope sequence
Mamu-A*01 Gag149-157LW9 Gag181-189CM9 Gag254-262QI9 Gag372-379LF8 Pol147-156LV10 Pol363-372GM10 Pol592-600QV9 Pol625-633SV9 
SIVmac239Δnef LSPRTLNAW CTPYDINQM QNPIPVGNI LAPVPIPF LGPHYTPKIV GSPAIFQYTM QVPKFHLPV STPPLVRLV 
SIVsmE660 ......... ......... ......... .R.DQL.. ...N....V. .......... E........ ......... 
02092 ......... .A....... ......... .R.DQL.. ...N....V. .......... E.....V.. ......... 
88085 ......... ......... ......... ........ .......... .......... ......... ......... 
Mamu-A*01 Env233-241CL9 Env622-630TL9 Env729-738ST10 Tat28-35SL8 Vif144-152QA9 Vpx8-18II11   
SIVmac239Δnef CAPPGYALL TVPWPNASL SSPPSYFQQT STPESANL QVPSLQYLA IPPGNSGEETI   
SIVsmE660 ......... ......ET. ....A.V..I P....... ......... ...........   
02092 ......... ......GT. ....A.V..I P....... ......... ...........   
88085 ......... ......ET. ....A.V..I ....L... .........    
Mamu-A*02 Gag71-79GY9 Pol324-332FF9 Pol518-526LY9 Env296-304RY9 Env317-325KM9 Env359-367QY9 Env519-528GF10 Env760-768SY9 
SIVmac239Δnef GSENLKSLY FSIPLDEEF LSQEQEGCY RTIISLNKY KTVLPVTIM QTIVKHPRY GTSRNKRGVF SSWPWQIEY 
SIVsmE660 ......... ......... ......... ......... ......... E.L...... .A........ R........ 
01022 .........  .........      
rhAO84 ......... ......... ......... ......... ...f..... E.L...... .A........ R........ 
Mamu-A*02 Env788-795RY8 Nef20-28LY9 Vif89-97IW9 Vif97-104WY8 Vpr63-71RM9    
SIVmac239Δnef RTLLSRVY LLRARGETY ITWYSKNFW WTDVTPNY RILQRALFM    
SIVsmE660 .DW.L.T. ..Q...... .....R... ......D. ........I    
01022  .........       
rhAO84 .DW.L.T. ..Q...... .....R... ......D. K.......I    
Mamu-A*11 Gag178-186SI9 Pol92-100AL9 Pol457-465RI9 Pol507-517AI11 Env495-502GI8 Vpr13-21RV9   
SIVmac239Δnef SEGCTPYDI AERKQREAL RETWTVNDI AEAEYEENKII GDYKLVEI REPWDEWVV   
SIVsmE660 ......... G.–...T. ......... ........... ........ .........   
01009 ......... RK–...T. ......... ........... ........ .........   
rh2000 ......... G.–...T. ......... ........... ........    
Mamu-B*08 Gag263-272YL9 Env524-532KF9 Env573-581KL9 Env717-725LF9 Env868-876RL9 Rev12-20KL9 Rev44-51RL8 Nef8-16RL9 
SIVmac239Δnef YRRWIQLGL KRGVFVLGF KRQQELLRL LRQGYRPVF RRIRQGLEL KRLRLIHLL RRRWQQLL RRSRPSGDL 
SIVsmE660 ......... ......... ...H..... ......... ......... .......F. .Q....I. KQC.RG.N. 
02132 ......... ...G..R.. ...H..... ......... ..V...... .......F. .Q....I. KQCRRR.N. 
01048 ......... .........  .S.......  ......... ........ ......... 
Mamu-B*08 Vif123-131RL9 Vif172-179RL8       
SIVmac239Δnef RRAIRGEQL RRDNRRGL       
SIVsmE660 .......K. G.N...s.       
02132         
01048 ......... .....G..       
Mamu-B*17 Pol372-379MF8 Pol435-443FW9 Pol604-613VW10 Env241-251LF11 Env816-825LY10 Env830-838FW9 Vif44-52HW9 Vif66-73HW8 
SIVmac239Δnef MRHVLEPF FQWMGYELW VWEQWWTDYW LRCNDTNYSGF LRTELTYLQY FHEAVQAVW HFKVGWAWW HLEVQGYW 
SIVsmE660 ..N..... ......... I......... .....S..... I..GIA.... .Q.....W. .H....... ........ 
01003 ........ ......... .......... .....S..... .......... .Y....... .H....... Q....... 
01079 ..N..... ......... I......... .....S..... .......... .Y....... .H....... ........ 
Mamu-B*17 Vif135-143CY9 cryptic RW9       
SIVmac239Δnef CRFPRAHKY RHLAFKCLW       
SIVsmE660 .K..K...N .A..S..FR       
01003 .K..K...N .A..S..FR       
01079 .K..K...N .A..S..FR       
Sequence origin
Epitope sequence
Mamu-A*01 Gag149-157LW9 Gag181-189CM9 Gag254-262QI9 Gag372-379LF8 Pol147-156LV10 Pol363-372GM10 Pol592-600QV9 Pol625-633SV9 
SIVmac239Δnef LSPRTLNAW CTPYDINQM QNPIPVGNI LAPVPIPF LGPHYTPKIV GSPAIFQYTM QVPKFHLPV STPPLVRLV 
SIVsmE660 ......... ......... ......... .R.DQL.. ...N....V. .......... E........ ......... 
02092 ......... .A....... ......... .R.DQL.. ...N....V. .......... E.....V.. ......... 
88085 ......... ......... ......... ........ .......... .......... ......... ......... 
Mamu-A*01 Env233-241CL9 Env622-630TL9 Env729-738ST10 Tat28-35SL8 Vif144-152QA9 Vpx8-18II11   
SIVmac239Δnef CAPPGYALL TVPWPNASL SSPPSYFQQT STPESANL QVPSLQYLA IPPGNSGEETI   
SIVsmE660 ......... ......ET. ....A.V..I P....... ......... ...........   
02092 ......... ......GT. ....A.V..I P....... ......... ...........   
88085 ......... ......ET. ....A.V..I ....L... .........    
Mamu-A*02 Gag71-79GY9 Pol324-332FF9 Pol518-526LY9 Env296-304RY9 Env317-325KM9 Env359-367QY9 Env519-528GF10 Env760-768SY9 
SIVmac239Δnef GSENLKSLY FSIPLDEEF LSQEQEGCY RTIISLNKY KTVLPVTIM QTIVKHPRY GTSRNKRGVF SSWPWQIEY 
SIVsmE660 ......... ......... ......... ......... ......... E.L...... .A........ R........ 
01022 .........  .........      
rhAO84 ......... ......... ......... ......... ...f..... E.L...... .A........ R........ 
Mamu-A*02 Env788-795RY8 Nef20-28LY9 Vif89-97IW9 Vif97-104WY8 Vpr63-71RM9    
SIVmac239Δnef RTLLSRVY LLRARGETY ITWYSKNFW WTDVTPNY RILQRALFM    
SIVsmE660 .DW.L.T. ..Q...... .....R... ......D. ........I    
01022  .........       
rhAO84 .DW.L.T. ..Q...... .....R... ......D. K.......I    
Mamu-A*11 Gag178-186SI9 Pol92-100AL9 Pol457-465RI9 Pol507-517AI11 Env495-502GI8 Vpr13-21RV9   
SIVmac239Δnef SEGCTPYDI AERKQREAL RETWTVNDI AEAEYEENKII GDYKLVEI REPWDEWVV   
SIVsmE660 ......... G.–...T. ......... ........... ........ .........   
01009 ......... RK–...T. ......... ........... ........ .........   
rh2000 ......... G.–...T. ......... ........... ........    
Mamu-B*08 Gag263-272YL9 Env524-532KF9 Env573-581KL9 Env717-725LF9 Env868-876RL9 Rev12-20KL9 Rev44-51RL8 Nef8-16RL9 
SIVmac239Δnef YRRWIQLGL KRGVFVLGF KRQQELLRL LRQGYRPVF RRIRQGLEL KRLRLIHLL RRRWQQLL RRSRPSGDL 
SIVsmE660 ......... ......... ...H..... ......... ......... .......F. .Q....I. KQC.RG.N. 
02132 ......... ...G..R.. ...H..... ......... ..V...... .......F. .Q....I. KQCRRR.N. 
01048 ......... .........  .S.......  ......... ........ ......... 
Mamu-B*08 Vif123-131RL9 Vif172-179RL8       
SIVmac239Δnef RRAIRGEQL RRDNRRGL       
SIVsmE660 .......K. G.N...s.       
02132         
01048 ......... .....G..       
Mamu-B*17 Pol372-379MF8 Pol435-443FW9 Pol604-613VW10 Env241-251LF11 Env816-825LY10 Env830-838FW9 Vif44-52HW9 Vif66-73HW8 
SIVmac239Δnef MRHVLEPF FQWMGYELW VWEQWWTDYW LRCNDTNYSGF LRTELTYLQY FHEAVQAVW HFKVGWAWW HLEVQGYW 
SIVsmE660 ..N..... ......... I......... .....S..... I..GIA.... .Q.....W. .H....... ........ 
01003 ........ ......... .......... .....S..... .......... .Y....... .H....... Q....... 
01079 ..N..... ......... I......... .....S..... .......... .Y....... .H....... ........ 
Mamu-B*17 Vif135-143CY9 cryptic RW9       
SIVmac239Δnef CRFPRAHKY RHLAFKCLW       
SIVsmE660 .K..K...N .A..S..FR       
01003 .K..K...N .A..S..FR       
01079 .K..K...N .A..S..FR       

Periods represent conserved amino acids in comparison to SIVmac239Δnef. The aa sequence for each epitope corresponds to the vaccine strain SIVmac237Δnef. Any aa substitutions in these epitopes present in our stock of SIVsmE660 or in the plasma virus of our vaccinated animals during the chronic phase of infection are identified with capital letters or lowercase letters for mixed populations. Periods represent conserved aa in comparison to SIVmac239Δnef.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal