Skip to Main Content
Table III.

Previously reported SMN interaction partners identified in quantitative proteomics screen utilizing GFP binder to immunoprecipitate GFP-SMN complexes


MW (kD)
Cytoplasmic
 SILAC Ratio
 ± SD
# Peptides
Nucleoplasmic
 SILAC Ratio
 ± SD
# Peptides
Reference
SMN 31.8 14.0 ± 19.0 15 76.4 ± 96.5 13 (Kolb et al., 2007; Otter et al., 2007) 
Gemin 2 31.6 10.8 ± 2.2 10 39.3 ± 26.8 (Liu et al., 1997) 
Gemin 3 92.2 74.2 ± 87.0 36 33.2 ± 35.6 33 (Charroux et al., 1999; Campbell et al., 2000) 
Gemin 4 120 66.5 ± 79.5 54 36.3 ± 46.8 46 (Charroux et al., 2000) 
Gemin 5 168.6 5.2 ± 1.3 26 9.9 ± 7.3 19 (Gubitz et al., 2002) 
Gemin 6 18.8 50.5 ± 59.8 34.3 ± 43.5 (Pellizzoni et al., 2002a) 
Gemin 7 14.5 36.8 ± 3.2 18 ± 12.1 (Baccon et al., 2002) 
Gemin 8 40.1 80.3 ± 102.3 11 26.1 ± 41.6 (Carissimi et al., 2006) 
U1A 31.3 3.5 ± 0.3 2.5 ± 0.2 (Yong et al., 2002) 
SmB/B′ 30 0.8 ± 0.01 1.9 ± 0.1 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmD1 13.3 0.9 ± 0.1 11.4 ± 2.2 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmD2 13.5 0.9 ± 0.1 10 8.9 ± 1.3 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmD3 13.9 1.0 ± 0.1 2.0 ± 0.2 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmE 10.8 1.0 ± 0.02 6.5 ± 0.6 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmF 9.7 1.0 ± 0.1 5.6 ± 0.03 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmG 8.5 1.0 ± 0.04 6.6 ± 1.4 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
Lsm10 14.1 5.8 ± 2.5 7.8 ± 2.7 (Pillai et al., 2001, 2003) 
Lsm11 39.5 6.7 ± 1.7 11 0.7 ± 0.1 (Pillai et al., 2003) 
Unrip 38.4 1.4 ± 0.1 11 3.6 ± 0.9 17 (Carissimi et al., 2005) 
Coilin 62.6 21.6 ± 13.0 14 (Hebert et al., 2001) 
PRMT5 72.7 1.5 ± 0.3 (Meister and Fischer, 2002) 
Fibrillarin 33.8 2.8 ± 0.5 (Liu and Dreyfuss, 1996; Jones et al., 2001;
     Pellizzoni et al., 2001a) 
hnRNP U 90.6 1.7 ± 0.1 3.9 ± 0.8 13 (Liu and Dreyfuss, 1996) 

MW (kD)
Cytoplasmic
 SILAC Ratio
 ± SD
# Peptides
Nucleoplasmic
 SILAC Ratio
 ± SD
# Peptides
Reference
SMN 31.8 14.0 ± 19.0 15 76.4 ± 96.5 13 (Kolb et al., 2007; Otter et al., 2007) 
Gemin 2 31.6 10.8 ± 2.2 10 39.3 ± 26.8 (Liu et al., 1997) 
Gemin 3 92.2 74.2 ± 87.0 36 33.2 ± 35.6 33 (Charroux et al., 1999; Campbell et al., 2000) 
Gemin 4 120 66.5 ± 79.5 54 36.3 ± 46.8 46 (Charroux et al., 2000) 
Gemin 5 168.6 5.2 ± 1.3 26 9.9 ± 7.3 19 (Gubitz et al., 2002) 
Gemin 6 18.8 50.5 ± 59.8 34.3 ± 43.5 (Pellizzoni et al., 2002a) 
Gemin 7 14.5 36.8 ± 3.2 18 ± 12.1 (Baccon et al., 2002) 
Gemin 8 40.1 80.3 ± 102.3 11 26.1 ± 41.6 (Carissimi et al., 2006) 
U1A 31.3 3.5 ± 0.3 2.5 ± 0.2 (Yong et al., 2002) 
SmB/B′ 30 0.8 ± 0.01 1.9 ± 0.1 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmD1 13.3 0.9 ± 0.1 11.4 ± 2.2 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmD2 13.5 0.9 ± 0.1 10 8.9 ± 1.3 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmD3 13.9 1.0 ± 0.1 2.0 ± 0.2 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmE 10.8 1.0 ± 0.02 6.5 ± 0.6 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmF 9.7 1.0 ± 0.1 5.6 ± 0.03 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
SmG 8.5 1.0 ± 0.04 6.6 ± 1.4 (Liu et al., 1997; Pellizzoni et al., 2002b) 
Lsm10 14.1 5.8 ± 2.5 7.8 ± 2.7 (Pillai et al., 2001, 2003) 
Lsm11 39.5 6.7 ± 1.7 11 0.7 ± 0.1 (Pillai et al., 2003) 
Unrip 38.4 1.4 ± 0.1 11 3.6 ± 0.9 17 (Carissimi et al., 2005) 
Coilin 62.6 21.6 ± 13.0 14 (Hebert et al., 2001) 
PRMT5 72.7 1.5 ± 0.3 (Meister and Fischer, 2002) 
Fibrillarin 33.8 2.8 ± 0.5 (Liu and Dreyfuss, 1996; Jones et al., 2001;
     Pellizzoni et al., 2001a) 
hnRNP U 90.6 1.7 ± 0.1 3.9 ± 0.8 13 (Liu and Dreyfuss, 1996) 

This table summarizes the protein interaction datasets collected from both cytoplasmic and nuclear extracts using the GFP binder to pull down GFP-SMN from stable HeLa cell lines. Both the SILAC ratio (with SD) and the number of peptides identified for each protein in a particular experiment are indicated. Ratios >10, which inevitably show higher standard deviations, as discussed in the text, are in bold. References for the initial characterization of each protein as an SMN interaction partner are also listed.

Close Modal

or Create an Account

Close Modal
Close Modal